日誌是 HTML（排版完整，含配色、圖表、折疊區）。
.html 只會顯示原始碼，要先把檔案取下來：
git clone https://github.com/CCU-Bioinformatics-Lab/linr-daily.git
cd linr-daily && xdg-open index.html # macOS 用 open，Windows 用 start或按 Code → Download ZIP，解壓後點 index.html。
下面的索引供快速定位哪一天發生什麼；點進去要用上面的方式開。
給 agent：要跨日彙整（「掃過這個月的紀錄，整理出進度」）請直接讀
.data/<日期>.json—— 那是事實來源，欄位有語意、不必剖 HTML。
| 路徑 | 說明 |
|---|---|
.data/<YYYY-MM-DD>.json |
事實來源。要改內容改這裡再重新渲染 |
daily/<YYYY-MM-DD>.html |
單日日誌（產物，不要手改） |
index.html |
導覽首頁（產物） |
README.md |
本檔（產物，由 render.py 產生，不要手改） |
daily/figures/<YYYY-MM-DD>/ |
當天的圖 |
assets/style.css |
共用樣式，改這裡會影響所有 HTML 日誌 |
- 2026-09-07 —— 重算 PyClone 的讀數期望值公式對得上原文算例（0.300000 vs 0.3），但它的合成資料生成方式與勝出的那個先驗逐條對應——那組實驗量的是「哪個先驗最貼合模擬器」，不是「哪個先驗最貼合真實腫瘤」
- 2026-09-06 —— 個人 agent 設定的載入入口是空檔、同一套規範同時存在五項與四項兩個版本；當天照日誌→週報的用途改建出四個技能，並把「產生日誌」和「上傳 GitHub」拆成兩件事
- 2026-09-05 —— 引用之前先複驗：PyClone 的數字全對得上，LICHeE 的原始碼有兩處對不上論文、還有三個論文沒提的行為；實驗室 16 個 repo 也讀成一份可查的地圖，其中一個專案跟我的題目落在同一個問題域
- 2026-09-04 —— PyClone 從正文讀到附錄：先前三條說法撤回，論文六項數值宣稱有兩項用原始資料重現不出來；日誌與週報也接成每週三晚上自動產出的管線
- 2026-09-03 —— 簡報進入定稿期：目標函數的質疑獨立成 P0.5 專頁、全份改成 15 頁圖說版；先前兩條結論一條撤下、一條下修